Başvurularda, Anayasaya göre herkesin önceden izin almaksızın dernek kurma, derneğe üye olma ya da üyelikten çıkma hakkına sahip olduğu, bu düzenlemelerin vakıflarla ilgili olarak da uygulanacağı, ancak yasa hükmüyle dernekler ve vakıflar arasındaki eşitliğin ortadan kaldırıldığı, tek başına vakıf kurma imkanı olmayan ancak bir vakfa üye olarak topluma ve kamuya maddi yardımda bulunmak veya ismini üye olacağı vakıf içinde yaşatmak isteyen gerçek veya tüzel kişilerin bu anayasal hakkı kullanmalarının engellendiği; hayatiyetleri yeni üyelerin varlığına bağlı olan vakıflarda üyeliğin kaldırılmasının bu vakıfların tasfiyesi sonucunu doğuracağı, yasanın yürürlüğe girdiği 1 Ocak 2002 tarihinden önce kurulan vakıflarla bu tarihten sonra kurulan ve kurulacak vakıflar arasında imkan ve işleyiş farklılığı doğuracağı savunuldu.
Anayasa Mahkemesinin iptal gerekçesinde, vakıfların, gerçek veya tüzel kişilerin yeterli mal ve hakları belirli ve sürekli bir amaca özgülemeleriyle oluşan tüzel kişiliğe sahip mal toplulukları olarak tanımlandığı anlatılan kararda, bir mal varlığının bütünü veya gerçekleşmiş ya da gerçekleşeceği anlaşılan her türlü geliri veya ekonomik değeri olan hakların vakfedilebileceği belirtildi.
Kararda, yasa hükmüne göre vakıflarda üyelik olmayacağı ve Cumhuriyetin Anayasa ile belirlenen niteliklerine ve Anayasanın temel ilkelerine, hukuka, ahlaka, milli birliğe ve milli menfaatlere aykırı veya belli bir ırk ya da cemaat mensuplarını desteklemek amacıyla vakıf kurulamayacağı anımsatıldı.
Kararda, 4721 sayılı yasadan önce yürürlükte olan 743 sayılı yasada, vakıflarda üyeliği engelleyecek nitelikte bir hüküm bulunmadığına işaret edildi.
Anayasanın 33. maddesiyle, önceden izin almaksızın dernek kurma ve derneklere üye olma hakkı tanındığı, bu hükümlerin vakıflarla ilgili olarak da uygulanacağı anlatılan kararda, Anayasanın 13. maddesine göre de temel hak ve hürriyetlerin, özlerine dokunulmaksızın yalnızca Anayasanın ilgili maddelerinde belirtilen sebeplere bağlı olarak ve ancak kanunla sınırlanabileceği, bu sınırlamaların, Anayasanın sözüne ve ruhuna, demokratik toplum düzeninin ve laik Cumhuriyetin gereklerine ve ölçülülük ilkesine aykırı olamayacağı belirtildi.
Kararda, derneklerin ve vakıfların kuruluşları, amaçları, işlevleri, işleyişleri ve yönetimleri aynı değilse de Anayasanın 33. maddesinin birinci ve son fıkraları birlikte değerlendirildiğinde, herkesin, vakıflara üye olma özgürlüğüne sahip olduğu kaydedildi.
Kararda, vakıflara üye olma özgürlüğünü ortadan kaldıran 4721 sayılı Medeni Kanunun 101. maddesinin 3. fıkrasının Anayasaya aykırı olduğu ve oy birliğiyle iptal edildiği kaydedildi.